对于喷雾干燥来说，区分喷雾干燥机进口温度、产品温度、干燥温度和干燥机出口温度是相当重要的。在一个设计良好的同流式喷雾干燥机中,干燥温度和干燥机出口温度是相同的。由于产品中溶剂的蒸发,产品温度会低于干燥器出口温度,通常为5～20℃。

颗粒的干燥首先是由喷雾干燥机的出口温度和喷雾干燥机排气中的溶剂蒸汽含量来决定。较高的喷雾干燥机出口温度或较低的喷雾干燥机排气的溶剂蒸汽含量都将影响产品的干燥。对于一个固定的喷雾干燥机的出口温度和干燥气体流量来说,降低干燥机进口温度将导致进料量的下降,蒸发量的下降,喷雾干燥机排气的溶剂蒸汽含量的下降。所以，必须非常仔细地来平衡喷雾干燥机的参数,

喷雾干燥机可能会允许干燥在一个高获得率的状态下进行,但可能会同时导致*终产品无法满足残留溶剂含量水平的要求。对于许多产品来说,有效干燥时间更加重要。当产品中残留的溶剂扩散受到约束时,单级干燥机不能进行有效的干燥,在许多时候必须增加额外的干燥段。           

有些药物所表现出的热塑性将导致其不适合在传统的喷雾干燥机中进行干燥。这样，低压喷雾干燥可以是一种选择。喷雾干燥机工作在0.5～0.7bar时,允许明显降低干燥温度。